Ты запустил, нажал и держал нужные кнопки в нужное время... после этого всё, о чём ты спрашиваешь, делается автоматически, без твоего участия: этот BootNeuter запускается и переписывает то, что нужно в операционке... нужно только подождать... такого отдельного приложения нет - грубо говоря, это часть кряка...