наврятли это реально сделать.
хексом отмерить что то это одно, а вот изменить алгоритм определения заряда-совсем другое.
а вот то, что у тебя не изменилось время работы говорит либо о просадке второй банки, либо о неправильной зарядки второго аккумулятора (тупо не хватает тока)
в обоих случаях замена банки.