Т.к. у нас задача съэкономить и при этом по возможности не потерять в качестве, то по-любому каждый, кто хоть немного кодировал намекнёт, что 2 прохода - лучший вариант !
Лично мне кажется, что лучше перебор, нежели недобор... хотя на однодисковых источниках (т.е. не очень хорошего качества), мудохаться с двумя проходами смысла нет...
Так, как ты указал, AVI2PMP у меня не косячил, а вот воспринимать в качестве источика некоторые AVI - отказался наотрез, отчего и переключился я на свой, ручной способ
ПыСы: Надо найти где-нибудь приличный форум по х264 и там человеков вопровами помучить !