Разобрался. Дело было в последней версии вебмана - 1.47.41. Как только поставил на устанавливаемую прошивку cfw 4.88 Evilnat версию вебмана 1.47.40, все разрешилось, игры и приложения стали запускаться.
А дисковод у приставки и правда на 99% мертв, поэтому диски он и не читал, изредка лишь показывая их иконки.