У меня тоже все норм с дуалшоками. Может хен Вам тонко намекает, что у Вас китай?
Потом, никаких файлов связанных с управлением хен не трогает. До запуска хен, хен ничего испортить не может, а следовательно не запуск консоли с кнопки дуалшока никак не связан с HEN
Либо просто попробуйте переназначить на другое значение (1-4)