помню такую тему, что раньше некоторые игры не хотели устанавливать данные при запуске с внешнего носителя, например Heavy Rain - возможно у этих игр такая же проблема. Для решения советовали сначала залить игру на внутренний, установить данные и удалить образ, потом уже играть с внешнего. Так что быть может - проблема не в НТФС, а просто во внешнем носителе.