Quest, не обращай внимание. Это просто предупреждение Cygwin выдаёт. Либо его у тебя нет, либо устаревшая версия. Там прога использует 32-битную версию вроде бы. Это сообщение ничего не ломает, просто предупреждает при указании путей не тем способом, которым бы Cygwin хотел видеть. Короче старая проблема, в Гугле про неё миллион запросов и ответов. Можешь не беспокоится по поводу этого указателя FAST_CWD, там и с ним всё нормально работает.