[erutan]

Для начала - речь.. об оицензионном картридже или же о каком-либо из линкеров?

Если якобы лиц. - помню частую gba-проблему:пираты делали копии лиц. кариков, продавали иной раз под видом лицензии, но ставили дешевые батарейки. Когда батарейки сдыхали, игра прекращала читать сохранения.
Если линкер... Может, нарушилась файловая структура. Попробуй загрузить этот сэйв на эмуляторе, ну или сбэкапить все с флэшки, отформатировать и залить обратно. Может, флэшка уже свое отживает- там же не бесконечное число циклов перезаписи.