Странно, у меня Win 7 Ultimate. Я делал этот патчер именно в ней и тестировал. У меня всё удаляет и отрабатывает чётко.
rm (remove) - да, это команда удаления файлов. То есть, при запуске патчера, из него извлекается самораспаковывающийся архив, из которого затем извлекаются скрытые файлы, необходимые для пропатчивания и вычисления чек-суммы MD5. После их отработки, они больше не нужны и должны удалиться. Но по каким-то причинам, что-то не даёт вам удалять их. Это не так важно, если не удаляются. На работу патча это не влияет. Сделайте отображение скрытых файлов и папок и вручную удалите их, если мешают )