Ну видать это глюк 64-биток. Может эту команду из неё убрали )). А скорее всего блокирует "Контроль учётных записей". Я его сразу отключаю, т.к. он потом все мозги сделает своими предупреждениями, мол этот файл был запущен неизвестно кем, подтверждаете выполнение операции. и т.п.
Главное, чтобы MD5 конечного файла сходился. Это свидетельствует о том, что прошивка получилась байт-в-байт такая, какой и должна быть.
А то, что не удаляются автоматом файлы - не имеет значения. После изготовления прошивки можно тупо снести всю папку в корзину.