Побайтовой идентичности нет, конечно. Но в том, что сжатие работает правильно уверен. На всякий случай, попробовал даже применить "фейковое" сжатие, которое ничего не сжимает, просто раздувает файл контрольными байтами - результат такой же. Да и на остальные файлы не жалуется игра. Я бы предположил, что игра сверяет контрольные суммы, но по симптомам выглядит будто что-то крешится с треском и ошибками.
Разобрался как пользоваться дебаггером в ppsspp, попробую что-то раскопать.