krekx,
1) EBOOT.BIN - это не контейнер, а один цельный файл, как исполняемый экзешник в Виндус, он подписан одним из публичных игровых ключиков, которые всегда добавляются при выходе новой прошивки.
2) Декриптованный и распакованный EBOOT.BIN - он же ELF в хекс-редакторе, он ничем не подписан, т.к. уже декриптован.
3) Если ничего с ним не делать и обратно зашифровать тем же ключиком, то он должен опять совпадать с оригиналом по MD5 например. А раз выходит ошибка, значит в механизме шифровки присутствует недоработка.
То есть, обычный игровой файл - это ELF-формат. Сони этот ELF сжимает разными способами, в Gzip или в Zlib или RLE и есть другие методы, а затем заархивированный файл шифрует, т.е. ксорит байты с игровым публичным ключиком, которые лежат в прошивке и накапливаются с каждой новой версией и сюда подмешивается приватный ключ. И на выходе получаем то, что имеем + выше небольшой заголовок SCE.