Angeleo, 1. если патчи хотите дополнительно установить, то можно положить их в папку \pkg (с расширением pkg).
2. Да, поскольку консоль форматируется при восстановлении бекапа, придется делать все заново, игры не сохраняться.
Если хотите сохранить сохранения, тогда удаляйте игры на консоли и делайте бекап без игр, но с сохранениями.