У меня есть 360й s который видит любые hdd и прекрасно их форматирует.
Сегодня столкнулся с такой же проблемой, как и вы.
После подключения к компу, xbox 360e перестал видеть жесткий диск. Но 360s и 360fat его видят.
В описании FatXplorer было такое, что Windows чтото пишет в диск, что потом xbox его не видит.
Ищите другой Xbox и форматируйте уже на нем снова.
Ну, как предположение.