можно конечно
mp4box умеет резать файлы в контейнере MP4,
прожка эта консольная, а синтаксис следующий:
MP4Box - splitx время начала:время конца film.mp4 -out C:\film.mp4
время в секундах, нарезка идет по ключевым кадрам. скачать можно тут -
http://rbf.nm.ru/mpeg4tools.rar