Сёгун, я думаю, и есть искомый Ной 2, как связан с ГГ непонятно, но возможно ГГ тоже участвовал в экспериментах корпорации. Положителен ли он с Рими - не понятно.
Намеки на "избранность" Такуми, кстати, очевидные.
Девушка в конце серии точно Нана (сестра) или детектив-школьница (забыл как звать) - обе обладают Ди-мечами (смотрим заставку).