Хардсабы не могут никуда исчезнуть из видео - они вшиты в само изображение, и избавиться от них невозможно. Исчезнуть могут только софтсабы (в случе если декодер DirectShowSource(2) - если в системе нет фильтра или что-то не настроено для декодирования субтитров, в случае с FFmpegSource(old\new) - всегда). В зависимости от того, каким способом идет декодирование, или добивайтесь чтоб системный декодер начал подхватывать субтитры из вашего файла, или извлеките их, и попробуйте добавить через меню Субтитры. Собственно второй способ можно использовать и вместо первого.