В версии 5.036 рассинхрон звука присутствует, скорее всего из-за неправильного определения частоты кадров, некоторые фильмы кодируются не до конца, определение чёрных полей на 4-8 пикселей больше реальных, а при установленном битрейте на выходе совсем другой. Перепробовал многие настройки, кодировку в два прохода - глюки не исчезли.