Вад менеджер нужен для установки вадов, он здесь не причём, это если грубо и на пальцах типа винрара.
Честно говоря с таким не сталкивался, но и Снеса эмуль не ставил, установи Visual Boy Advance GX его я ставил, работает стабильно 100% если и он не пойдёт тогда надо думать, если пойдёт тогда либо криво поставилось либо кривой файл