Да, надо вообще все что есть пересобрать и сверить. Пересобранные из нетронутых текстовиков OBJ должны одинаковую чексумму иметь с оригинальными (CRC/MD5/SHA, что больше нравится). Если на каком-то не совпадает - значит программа споткнулась об неизвестный ей код.