MFS, 1. Вопрос - а зачем вообще перепаковывать?
2. Как видно из шапки, программа умеет распаковывать и упаковывать PSARC. При упаковке надо выбрать файл FileList.xml, где содержится перечень файлов на упаковку.
Альтернативная
программа MPHT, тоже может такое, но там алгоритм несколько иной.