Затем, в батнике есть пауза выполнения скрипта, она записана в строке №65 (pause).
Когда батник доходит до паузы, он декриптует исходный EBOOT.BIN в EBOOT.elf в папку scetool.
Во время паузы тебе остаётся только зайти в папку scetool и подменить исходный декриптованный EBOOT.elf на свой модифицированный.
Затем в батнике нажимаешь Enter и после паузы начинается подписывание декриптованного ELF-файла, который лежит в папке scetool, который ты подменил.
Вот и вся магия!
В том то и дело что после подмены и нажатия Enter батник просто закрывается, и в папке DONE все тот же EBOOT не изменённый. И пауза выполнения у меня на 79й строке.