По-идее, при распаковке архива, даже если в Загрузках у тебя есть аналогичная папка, тогда все одноимённые файлы перезаписываются, если конечно на каком-то из них не стоит атрибут "Только чтение", но в таком случае должна выскочить ошибка или предупреждение о том, что что-то не распаковалось.
Я думаю, скорее всего, ты запускал PS3DumpChecker прямо из архива, не распаковав предварительно его. Тогда конечно, откуда программа найдёт default.hashlist, если он лежит в архиве?
Прошу любить и жаловать, Ваш Добро пожаловать в наш Чат в Telegram