Учитывая то, что флешка была загрузочной, дело всего скорее не в разделе, а именно в загрузочной записи. Она не убивается форматированием и переразбивкой флешки.
Попробуйте через утилиту винды DISKPART clean сделать, только аккуратно, основной диск на ПК не убейте )))) - вот ссылка
http://gokmop.ru/windows/%D0%BA%D0%B...7%D0%B0%D0%BF/
Проверить осталась или нет загрузочная запись удобнее всего через программку Bootice
http://www.usbdev.ru/files/bootice/ - жалко что она может только менять загрузочные записи, но не даёт её зачистить.
Есть ещё варианты - это ручками первые сто байт на флешке нулями забить - но это уже от лукавого - кто уверен в своих руках и любит делать всё через задний проход ))
После clean в DISKPART если запустить Bootice, то станут неактивными кнопки MBR и PBR, что подтверждает, что флешка стала девственной.
Дальше через Мой компьютер - правый клик - управление - управление дисками создаём раздел и быстрое форматирование в FAT32