Re-Education, совершенно верно. Можно файлы переименовывать или в батнике имена файлов менять.
Тогда уж лучше сразу одним батником делать готовый файл, ещё на этапе MPS TO PMF:
В эту же папку докинуть sfk.exe и подкидывать ORIGINAL.PMF, откуда брать данные для кастома.
А чтобы каждый раз не менять оригиналы, то лучше в папку "CTFtool_GUI_v5_beta2" закинуть сразу всю папку VIDEOS от PSP, а в батнике менять названия оригиналов (либо через консоль командовать). Тогда просто сразу путь в батник добавить: