Никак. Конвертер сам подхватывает cue файл (если он лежит рядом с bin) и генерирует таблицу внутри eboot.pbp. Поэтому указывать на файл cue ему не нужно.
Сообщение от Kilych
Если у bin PSX присутствует cue с мультитрековой инфой, без которой будут потеряны всякие мелочи.
Не будут играть CDDA треки (музыка в игре), но они и так не воспроизводятся без конвертирования в atrac3.