pp53, бывает...
Ты ведь не дождался окончания действия программы - вот, что-то и глюконуло...
Скопируй с карты памяти ВСЕ нужные файлы (а еще лучше временно все).
Отформатируй карту в ПСП и далее закидывай нужные файлы (а не все папки подряд) обратно на карту.