Проблему решил так: удалил RetroArch установленный через HEN Toolbox Mod, и установил из "HENBrew Store". Версия тоже 1.7.7, но у них разный объём в HEN Toolbox Mod - 534мб. по моему, а в HENBrew Store - 528мб. Не знаю в чем их отличая, но у меня зависания пропали.