Ну так правильно. В кирке и в заголовке проставлены размеры шифрованного файла и так же декриптованного ELF, тело шифруется исходя из размера оригинала и размера пожатого, записанного в хедере, который изменять никак нельзя, иначе хэши блоков не совпадут. Размеры записаны в позициях 0x28 и 0x2C по 4 байта в Little Endian.
Так что размер ELF не может превышать оригинал, но может быть меньше, просто концовка забивается нулями до нужного размера.
Либо можно упаковать и подписать увеличенный кастомный файл - кирком и хедером другого официального файла большего размера.
Т.е эту "хитрожопость" не обойти так полагаю? В предыдущих работах была вполне уместная такая схема: оригинальный файл+загрузчик и другие данные(больше оригинального)->упаковка->получаем файл меньше оригинального что удобно для простой замены в образе