Собственно а что сложного в управлении проектом? Возьмите к примеру за основу идеологию .net solution - имеем простой файл в формате xml в котором расписаны файлы, физические и виртуальные пути, версии сборки, линки, параметры проекта и прочий проектный мусор. Если у вас руки до этого не доходят могу сам написать.