Eclipse странно себя ведет

[Ilsor]

То есть, я правильно понимаю, что у вас содержимое файлов такое:
test.c

void TestFunc(void)
{
}

test.h
#ifndef TEST_H
#define TEST_H
void TestFunc(void);
#endif

main.c

#include "test.h"
void main(void)
{
TestFunc();
}

Так? А ошибка происходит на этапе компиляции или линковки? Может быть просто не произошла компиляция test.c или линковщику не было передано имя объектного файла. Я с eclipse не работал напрямую. Но как я помню, IDE Momentics в QNX работает на Eclipse - с ним я работал и никаких проблем (кроме кое-каких глюков ) не было.